限 时 特 惠： 本站每日持续更新海量各大内部创业教程，一年会员只需98元，全站资源免费下载 点击查看详情
站 长 微 信： qihangxm102
研究中时常需要使用R语言绘制精美图片，但是有些R绘图的代码过于复杂，不容易学会，尤其对于那些不常使用R语言的小伙伴来说，为了几张图专门学习就要付出较高的学习成本。但其实有很多高度集成化的软件也可以做出高大上的生信图。
今天我们就来跟大家介绍一款简单好用的软件：Graphpad Prism。相比于R语言，Graph prism更易上手，只需要简单的参数设置，就可以实现科研图片的绘制和美化。
小编今天就借着火山图的绘制，带大家体会一下Graphpad Prism 8软件的实操。
了解火山图
火山图（Volcano plot）是散点图的一种，可以帮助科研工作者直观呈现样本检测中所有差异基因分布情况。常见的一种应用是RNA表达谱和芯片数据分析。由于图形呈现的形状像喷发的火山，因而得名为火山图。如下所示：
图片来源（网络）
火山图如何解读？
现在我们就组成火山图的各个元素进行解析。
adjusted p-value（Padj）：即经过统计学方法校正后的p-value，由于统计学上常用的校正方法包括“BH”、“FDR”等，因此我们常会看到筛选差异基因的阈值是FDR。
Fold Change：表示组间基因表达差异倍数，其绝对值越大说明某基因在两组之间的表达差异也越大。该值为正时，表示差异上调；该值为负时，表示差异下调。
坐标轴：火山图的横坐标，一般采用log2FoldChange表示基因表达差异倍数的对数值。纵坐标为-log10Padj，表示校正后P值的对数值。横坐标绝对值越大，说明基因在两分组之间的差异越大；纵坐标值越大，说明基因在分组间的表达差异越显著，结果越可靠。
采用Graphpad Prism
如何绘制火山图？
软件版本：Graphpad Prism 8
1.原始数据的准备
在得到RNA转录组数据或芯片数据后，我们需要在Excel表格中筛选Padj值小于0.05、log2FoldChange大于1的差异基因数据，并将其标记Up；将Padj值小于0.05、log2FoldChange小于-1的差异基因数据筛选，并将其标记Down；剩下的就是表达无差异的基因了。在这里，要提醒大家的是，Padj以及FoldChange的阈值是大家可以根据实际的图形呈现的需要去调节的，一般Padj的设置为小于0.05，FoldChange绝对值的阈值大于2。
Padj数据以及Log2Foldchange数据筛选过程
数据筛选后并排序的结果
2.数据录入Graphpad Prism
将Excel中的log2FoldChange以及Padj数据复制到Graphpad Prism数据表中。具体形式如下：
录入Graphpad Prism中的数据列表
3.数据分析过程
点击Analyze，进行分析。在Transform，Normalize下选择Transform选项，点击OK。在随后弹出的Parameters:Transform界面框选中Standard functions单选按钮，并勾选Transform Y values using Y=-1*log(Y)，则可以将纵坐标转换为-log10Padj，可在左侧Results部分查看转换后的结果。这样，我们期待已久的最原始的火山图轮廓就呈现出来了。
Y轴数据转换为-log10Padj的过程
火山图数据分析的结果
原始火山图图像
4.图形美化和最终图形生成
（1）点击工具栏中按钮，进入Format Graph界面，选中Appearance。选择数据集A（表示第一列原始数据中的上调基因），勾选Show symbols，选择Color属性后进行颜色的选择，一般为红色。同时可以更改图形形状、图形的大小等。同理对基因下调对象（绿色或蓝色）、无差异对象（灰色）也进行调整。注意三个组别的图形形状最好一致。
对数据集A进行选择及图形属性修改
（2）在工具栏中点击图标，对于火山图边框及背景进行修改和美化。在弹出的Format and Origin界面将坐标轴粗细改为1/2pt，Frame style（坐标轴样式）设置为Plain Frameorigin调整坐标轴长度，然后单击Apply按钮。
火山图边框及背景设置
（3）X axis设置。在此模式下，切换到X axis选项，取消勾选Automaticallydetermine the range and interval（自动设置范围和间隔），以便自己根据需要编辑所需要的刻度范围及间隔。
将Range（范围）中最小值设置为-10；将All ticks（所有刻度）中的Ticks direction（刻度方向）改为Up、Ticks length改为Very Short；将Minor sticks（次要刻度）改为二等分主要刻度；通过Additional ticksand grid lines（辅助刻度和辅助网格线）选择项添加两条竖直网格线，将X值分别设置为-1和1。在Details中进行线条细节设置：勾选Show Grid Line（显示网格线），将Thickness（宽度）改为1/4pt，将Style（样式）改为细密的短虚线。点击Apply按钮后得到下图。
X轴坐标设置要点及结果图形呈现
（4）Y axis坐标设置。同样取消勾选Automaticallydetermine the range and interval（自动设置范围和间隔），以便自己根据需要编辑所需要的刻度范围及间隔。
将Range（范围）中最小值设置为-4，最大值设置为64；将All ticks（所有刻度）中的Ticks direction（刻度方向）改为Right、Ticks length改为Very Short；将Minor sticks（次要刻度）改为二等分主要刻度；通过Additional ticksand grid lines（辅助刻度和辅助网格线）选择项添加两条竖直网格线origin调整坐标轴长度，将Y值设置为1.301（-log100.05 = 1.301，为了标记变换后Padj=0.05所在的位置）。在Details中进行线条细节设置同X轴设置。点击Apply按钮后得到下图。
Y轴坐标设置要点及结果图形呈现
（5）调节横纵坐标的长度，以达到满意的审美。最终得到的火山图如下所示（由于小编输入的是示例数据，数据量与正常测序或芯片数据有所差异，所以图像呈现不是那么丰富）。
总结：Graphpad Prism相比起R是一款易上手的软件，它对科研绘图小白十分友好，直接复制粘贴数据就能绘制出适合论文发表的图，并且可以根据自身需要进行美化。同时，随着Graphpad Prism的不断更新迭代，它的性能也在变得强大，使用它仍然可以绘制出效果不亚于R语言的生信图，为基础科研人员提供便利。
# 温馨提示
微信公众号信息流改版导致收不到消息推送或者推送靠下?想要及时获取投必得学术的最新动态，可以试试以下方法✔
今日视频推荐
SCI写作不会单词搭配？
Just the Word！
点开视频即可了解！
限 时 特 惠： 本站每日持续更新海量各大内部创业教程，一年会员只需98元，全站资源免费下载 点击查看详情
站 长 微 信： qihangxm102
